城市作为工业化的载体和区域经济发展的策源地，已经成为技术创新活动的主要聚集地。但在我国，由于历史、经济、社会等多方面因素的影响，城市技术创新体系的建设进程较为缓慢，整个系统还不完善，存在着诸多问题，制约着城市技术创新体系的整体发展。在这些问题当中，创新主体、投入、产出及支撑体系等方面的问题表现得尤为突出。
　　一、创新主体方面的问题
　　近年来，政府资金在科研机构和高等院校科技经费筹集额中的比重显著上升，分别由1998年的45.3%和48.4%上升至2004年的75.6%和53.8%。同时在企业R&D经费投入中，有一部分是企业按政府资助的一定比例而投入的配套资金。企业R&D活动在很大程度上受政府政策的影响，某些甚至是政府行为的结果。
　　美国大中型企业设置研发机构的比例为100%，企业技术人员占全国科技人员总数的60%；2004年，我国只有23.4%的大中型工业企业设有研发机构，技术人员占全国从事科技活动人员的比例仅为41.6%。特别是我国规模以上工业企业的R&D经费支出占产品销售收入的比重仍然很低，2004年也只达到0.56%，与发达国家相比，还有很大的差距。这表明，尽管企业在技术创新投融资中的地位明显提升，政府资金的作用有所下降，但是企业还并未成为完全意义上的技术创新投融资主体，政府特别是中央政府通过直接的经费资助和间接的政策效应，仍然对技术创新活动发挥着主导性的影响，技术创新活动实现由政府主导型模式到企业主导型模式的转变还需要相当长的一段时间。
　　二、投入方面的问题
　　1．R&D经费投入仍然不足
　　改革开放以来，资金缺乏始终是制约我国城市技术创新的首要障碍性因素。技术创新投入不足首先表现为R&D经费投入不足。2004年，我国R&D经费占GDP比重为1.23%，而美国、日本（2001年）和德国R&D经费占GDP比重分别达到了2.82%、3.09%和2.50%。统计数据显示，我国企业R&D经费占销售收入的比重平均为0.5%，而在发达国家，R&D经费支出占销售收入的比重一般是3%—5%，高新技术企业达到10%，有些企业甚至达到20%。发达国家经验表明，企业R&D经费投入只有达到其销售收入的5%以上，才有较强的竞争力，2%%只能维持企业的基本生存，1%的企业极难生存。
　　2．技术创新资金向大中企业集中程度过高
　　从投入角度看，2004年，全国企业共筹集科技经费2771.2亿元，大中型工业企业获得2090.7亿元，占全部的75.4%；从R&D经费支出的情况看，2004年全国R&D经费支出1966.3亿元，其中大中型工业企业954.4亿元，占所有企业R&D支出（1333.7亿元）的71.6%。这表明，全社会企业领域内近2/3的技术创新资金为大中型企业所掌握。
　　发达国家和新兴工业化国家的实践表明，小企业是技术创新的主力。根据教育部科技司对全国173家大中型企业和58家小企业的调查，在产学研合作研究、开展技术创新的问题上，大中型企业的动力远不及小企业强。
　　技术创新资源过于向大中型企业集中导致小企业的技术创新作用的相对不足。2004年，在我国的高技术产业增加值中，小企业所占比重为22.1%，远低于中型和大型企业所占比重。
　　3．科研成果的商品化和产业化进程因资金不足而受阻
　　目前我国每年的专利技术有2万多项，省部级科研成果2.5万多项，但专利技术实施率仅为10%左右，科技成果转化率也只占20%左右，而形成规模效益的技术成果仅占10%%—15%%。除少部分成果因市场等方面原因难以形成产业外，更多的科技成果是因为缺乏足够的资金投入而未能实现产业化。
　　科技成果转化是一种高投入、高风险、高回报的投资事业。从资金投入的角度看，技术创新的三个阶段（R&D，技术成果商品化和产业化）所需的资金比例达到1∶10∶100，才能形成一个良性的技术发展过程。目前，我国的R&D资金、技术成果商品化资金和产业化资金的比例为1∶0.5∶100，技术成果商品化阶段的资金严重短缺已经明显制约了科技成果的商品化和产业化进程，极大阻碍了技术创新的发展。
　　4．企业技术创新的融资渠道依然过窄
　　由于创新主体错位，企业技术创新并不是政府资金的支持重点。尽管社会各界的呼声越来越高，但是企业尤其是中小企业仍然很难从商业银行获得技术创新资金。
　　在直接融资方面，目前中国还没有形成多层次的资本市场体系，只设主板市场而没有二板市场以及区域性、地方性的资本市场。同时，主板市场的服务主旨是推进国有大中型企业的体制改革。相比之下，新建的高新技术企业受资产规模、盈利水平等条件的限制，极难获准进行股票融资和债券融资，还不是资本市场重点扶持的对象。
　　同时，风险投资业虽然发展迅速，但是实际投资规模及其在企业技术创新投入中所占比例都还比较低。
　　三、产出方面的问题
　　1．技术创新产出的经济效益还处在低水平
　　我国企业技术创新产出数量以及质量都有了明显的提高，但技术创新的产业化水平依然不高。我国大中型工业企业每年的发明专利申请数从2000年的2792件，激增到2004年的13908件，但近几年来大中型工业企业新产品销售收入占当年企业销售收入的比例却始终徘徊在15%%左右。
　　中国企业的技术创新产出的水平和效益都还处在低水平的层次上，真正意义上的具有自主知识产权的技术创新非常少。企业新产品所创造利润的增长和所占比重与新产品数量和销售收入的增长不匹配，新产品销售收入占企业销售总额的15%%左右。
　　2．技术创新产出的成果还处在低水平
　　最近几年，我国企业普遍重视了知识产权的获得和保护，专利申请和授权的数量都有了明显的增长。但是在企业获得的全部专利职务授权中，发明专利授权比例很低，企业从事的大量技术创新活动申请的专利是实用新型与外观设计，在2004年这两项比例分别占到42%和46%。企业技术创新活动仍然停留在比较初级的外观设计和对现有技术的小幅度改进上。另外，我国发明专利中真正属于核心技术的发明专利很少。这表明我国企业技术创新能力还处于较低的水平，改变这种状况需要经过长期艰苦的努力。
　　四、技术创新支撑服务体系方面的问题
　　我国城市创新服务体系的发展仍处于初级阶段，创新支撑和服务体系在很多方面存在问题和缺陷，一系列深层次的问题开始暴露出来，突出表现在以下几个方面：
　　第一，创新服务机构数量多，业务规模小。据统计，我国目前大中城市科技中介机构平均每家还不到20人；各类科技咨询机构每家平均还不到3人。由于业务规模小，服务内容单一，市场开拓能力差，很多创新服务机构处于步履维艰和即将淘汰出局的尴尬境地。
　　第二，从业人员素质低，服务能力差。提供专业化的创新服务属于知识密集型行业，要求从业人员既掌握扎实的理论知识和技术基础，还要有丰富的创新服务经验和良好的职业道德。我国现有创新服务机构从业人员大多来自于研究所、设计院、大学和大中型企业。虽然他们有较高的学历和技术职称，但知识背景比较单一，缺乏相关的从业知识、经验和技能。多数创新服务机构受从业人员素质所限，只能提供—些极为简单的信息咨询、市场调研和公共关系等服务，服务面狭窄，专业化程度很低。
　　第三，创新服务机构相互独立，没有形成网络化的协作关系。网络化协作加强了创新服务机构的专业化和标准化水平，提高了服务的效率和质量，提升了综合配套服务能力。目前，我国大中城市共有创新服务机构6万多家，它们经营分散，孤军作战，在资源和市场业务上没有建立稳定的网络协作关系，限制了各个机构功能的扩展，使得它们难以满足技术创新全过程所需要的综合配套的服务需求。