河海大学2009年计划招收博士研究生340名（含公开招考、硕博连读、提前攻博）。
　　2009年博士研究生招生分两次进行：春季招生网报时间为2008年9月15日至30日，现场报名确认时间为2008年10月10日至11日，初试时间为2008年11月1日至2日，同等学力人员加试时间为11月3日；秋季招生网报时间为2009年3月15日至30日，现场报名确认时间为2009年3月31日至4月1日，初试时间为2009年4月25日至26日，同等学力人员加试时间为4月27日。
　　河海大学从2008年起推行研究生培养机制改革，实行新的研究生奖助学金资助体系，大幅度提高资助额度，扩大资助范围，并实行动态管理。博士研究生奖学金覆盖面达100%（委培生和在职自筹除外），最高等级标准为60000元。另外，学校还将提供较大数量的“助教、助研、助管”岗位。